A partir de la entrada en vigor de CFDI versión 3.3 es obligatorio la validación del RFC de tu cliente, esto se hace en línea y solo si el SAT dice que si le puedes facturar entonces te lo permite. Lo que quiere evitar el SAT es que le factures a un RFC que no existe o que el SAT no quiere que le factures.
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Hay dos principales causas de esto: la primera es que el CFDI es incorrecto, la segunda es que, aunque el RFC sea correcto, el SAT lo tenga como inválido. 

RFC Incorrecto
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​Si el RFC es incorrecto o está mal escrito simplemente no puedes facturar. Esto lo puedes verificar en la siguiente liga:
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​https://portalsat.plataforma.sat.gob.mx/ConsultaRFC/

RFC correcto pero inválido

¿Puede un RFC ser correcto (o válido) pero no ser permitido por el SAT? Si, es posible, aquí es donde inician las confusiones.

Lo que valida la liga anterior del portal del SAT es que el RFC esté formado correctamente, sin embargo, puede ser que no esté registrado en el SAT o que su registro sea tan viejo que le haga falta actualizarlo en el SAT y aunque es poco común es frustrante que nos aparezca un mensaje que nos diga que no podemos facturar a un RFC al que le hemos facturado siempre. 

Para detallar un poco el funcionamiento, el SAT envía a los proveedores autorizados de certificación (PACs) un listado de los RFCs a los que se les puede facturar, y puede pasar que en el portal del SAT diga es válido, pero que no le puedes facturar. 

En Gestionix te mostrará un mensaje en dónde dice que no puedes facturar porque el RFC de mi cliente no se encuentra dado de alta en la lista de RFCs Inscritos. 

La solución no la tienes tú, la tiene que hacer tu cliente y es una de las dos siguientes: 

Si hace esto es probable que en 24 horas se haya actualizado, aparezca en las listas y por lo tanto pueda recibir facturas, de lo contrario a la fuerza hay que hacer la opción 1... ir al SAT :(

Esperemos que pronto el SAT tenga un servicio donde podamos consultar esto de forma pública.